Bakteri yang dapat membuat makanannya sendiri dari zat-zat anorganik dan mengubahnya menjadi zat-zat organik. Ada dua macam bakteri autotrof, yaitu bakteri fotoautotrof dan kemoautotrof.
Berdasarkan cara memperoleh makanannya, bakteri dibedakan menjadi bakteri autotrof dan heterotrof.
Bakteri Autotrof
Bakteri autotrof ialah bakteri yang dapat membuat makanannya sendiri dari zat-zat anorganik dan mengubahnya menjadi zat-zat organik. Ada dua macam bakteri autotrof, yaitu bakteri fotoautotrof dan kemoautotrof. Bakteri fotoautotrof adalah bakteri yang menggunakan cahaya sebagai sumber energinya, misalnya bakteri hijau. Bakteri kemoautotrof adalah bakteri yang menggunakan senyawa kimia sebagai sumber energinya, misalnya bakteri belerang, bakteri besi, bakteri nitrogen, dan bakteri nitrat.
Bakteri Heterotrof
Bakteri heterotrof ialah bakteri yang tidak dapat mensintesis makanannya sendiri. Bakteri heterotrof dibedakan menjadi bakteri patogen dan saprofit. Bakteri patogen memperoleh makanan dengan cara mengambil senyawa organik kompleks dari makhluk hidup lain, misalnya Mycobacterium tuberculosis (penyebab TBC). Bakteri saprofit memperoleh makanan dari sisa-sisa makhluk hidup yang telah mati atau limbah, misalnya bakteri yang hidup di tempat sampah, Escherichia coli.